Kahe- ja mitmepoolne koostöö

Eesti ja Soome tolliteenistuste vahel on välja kujunenud kindlad ja laiaulatuslikud koostöösuhted. Eesti-Soome tollikoostöö sai alguse 1993. a valitsuste vahelisest kokkuleppest vastastikusest abist tolliasjades. Tolliametite vaheliste kontaktide arendamiseks alustas 1995. a Soome saatkonna juures tegevust Soome tolli alaline esindaja. 1997. a alustas tegevust Tallinna ja Helsinki piirkonna regionaalne koostöögrupp, mis tegutseb edukalt tänagi.

Soome toll on paljude aastate jooksul andnud olulist abi Eesti tolliorganisatsiooni ülesehitusele ja  koolitussüsteemi ning tollijärelevalve arendamisele. Samuti oli soome kolleegide abi suur Eesti ettevalmistustele liitumiseks Euroopa Liiduga. Välja on kujunenud pidev ja aktiivne koostöö uurimise, tollikontrolli ning teabevahetuse valdkonnas. Kord aastas toimuvad Eesti ja Soome tolliteenistuste juhtide töökohtumised, kus hinnatakse seni tehtut ja kavandatakse edaspidist. Eesti toll osaleb juba aastaid ka Eesti-Soome PTP (politsei-toll-piirivalve) koostöös.

Eesti ja Venemaa tolliteenistuste koostööle pani aluse 1999. a valitsuste vaheline kokkulepe vastastikusest abist tolliasjades. Pärast liitumist Euroopa Liiduga juhindub Eesti toll ka ELi ja Venemaa vahelise 1997. a partnerluslepingu protokollist nr 2 vastastikuse haldusabi kohta tolliõiguse õigeks kohaldamiseks. 

Tänasel päeval on koostöö suunatud eelkõige naaberpiiripunktide omavaheliste kontaktide ja koostöö arendamisele, et tagada kaupade piiriületuse sujuvus ja vähendada selleks kuluvat aega. Sellel eesmärgil on näiteks sõlmitud ametkondade vaheline kokkulepe koostöö kohta erakorraliste olukordade ärahoidmisel ja nende tagajärgede likvideerimisel naaberpiiripunktides. Samuti toimib häireteta valitsuste vahelise kokkuleppe ja partnerluslepingu protokolli aluselt toimuv koostöö tollialaste rikkumiste ennetamiseks, avastamiseks ja tõkestamiseks.

1994. aastal alustasid Balti Ministrite Nõukogu raames tegevust konkreetsete valdkondadega tegelevad vanemametnike komiteed, sh tolli vanemametnike komitee. Komiteed tegutsesid vastavalt valitsusjuhtide poolt kinnitatud tööplaanile ja konkreetsetele vajadustele. Perioodi 1994–2004 suuremateks saavutusteks Balti tollikoostöös olid Balti riikide ühtse transiidiprotseduurikokkuleppe sõlmimine ja toimimine ning Eesti-Läti piiripunktides ühise tollikontrolli rakendamine aastail 1998–2004.

Pärast Balti riikide liitumist Euroopa Liiduga on Balti tollikoostöö põhisuunaks olnud tollitoimingute ühtlustamine ja efektiivsuse tõstmine ELi välispiiril. Konkreetsed eesmärgid saavutatakse mitmeaastaste tegevuskavade koostamise ja elluviimisega. Edusammud Balti tollikoostöös olid ajendiks ka Maksu- ja Tolliameti 2015. aasta initsiatiivile luua ELi idapiiri riikide eksperdigrupp standardiseerimaks ja tõhustamaks tollikontrolli toiminguid ELi idapiiril. Initsiatiiv sai 11 liikmesriigi ja Euroopa Komisjoni toetuse ning eksperdigrupp alustab tegevust 2016. aastal.

Balti riikide maksukoostöö sai alguse 2007. aastal, kui toimus esimene kohtumine kolme riigi maksuhaldurite juhtkondade vahel. Maksukoostöö toimib iga-aastaste eesmärkide seadmisega eraldi koostööplaanide vormis, tihedalt saavad kokku koostöögrupid.

Maksu- ja Tolliamet osaleb aktiivselt erinevate riikide abistamisel arengukoostöö raames (Gruusia, Kosovo, Ukraina, Tadžikistan, Kasahstan, Moldova jne), jagades kogemusi e-teenuste, kontrolli ja maksustamise teemadel.