Tollikoostöö Soomega
Soome toll on paljude aastate jooksul andnud olulist abi Eesti tolliorganisatsiooni ülesehitusele ja koolitussüsteemi ning tollijärelevalve arendamisele. Samuti oli Soome kolleegide abi suur Eesti ettevalmistustele liitumiseks Euroopa Liiduga. Välja on kujunenud pidev ja aktiivne koostöö uurimise, tollikontrolli ning teabevahetuse valdkonnas. Kord aastas toimuvad Eesti ja Soome tolliteenistuste juhtide töökohtumised, kus hinnatakse seni tehtut ja kavandatakse edaspidist. Eesti toll osaleb juba aastaid ka Eesti-Soome PTP (politsei-toll-piirivalve) koostöös.
Tollikoostöö Venemaaga
Tänasel päeval on koostöö suunatud eelkõige naaberpiiripunktide omavaheliste kontaktide ja koostöö arendamisele, et tagada kaupade piiriületuse sujuvus ja vähendada selleks kuluvat aega. Sellel eesmärgil on näiteks sõlmitud ametkondade vaheline kokkulepe koostöö kohta erakorraliste olukordade ärahoidmisel ja nende tagajärgede likvideerimisel naaberpiiripunktides. Samuti toimib häireteta valitsuste vahelise kokkuleppe ja partnerluslepingu protokolli aluselt toimuv koostöö tollialaste rikkumiste ennetamiseks, avastamiseks ja tõkestamiseks.
Balti riikide tollikoostöö
Pärast Balti riikide liitumist Euroopa Liiduga on Balti tollikoostöö põhisuunaks olnud tollitoimingute ühtlustamine ja efektiivsuse tõstmine ELi välispiiril. Konkreetsed eesmärgid saavutatakse mitmeaastaste tegevuskavade koostamise ja elluviimisega. Edusammud Balti tollikoostöös olid ajendiks ka Maksu- ja Tolliameti 2015. aasta initsiatiivile luua ELi idapiiri riikide eksperdigrupp standardiseerimaks ja tõhustamaks tollikontrolli toiminguid ELi idapiiril. Initsiatiiv sai 11 liikmesriigi ja Euroopa Komisjoni toetuse ning eksperdigrupp alustab tegevust 2016. aastal.
Balti riikide maksukoostöö
Arengukoostöö
Maksu- ja Tolliamet osaleb aktiivselt erinevate riikide abistamisel arengukoostöö raames (Gruusia, Kosovo, Ukraina, Tadžikistan, Kasahstan, Moldova jne), jagades kogemusi e-teenuste, kontrolli ja maksustamise teemadel.